ההנחיות שנקבעו על ידי הרבנים הראשיים לישראל הרב יונה מצגר והרב שלמה עמאר, מסדירות את נושא בירור היהדות הנדרש עבור כל אדם המבקש להינשא כיהודי במדינת ישראל. 

ההנחיות קובעות כי אין לאשר עריכת חופה וקידושין ללא בירור יהדות שנעשה לפי ההוראות המפורטות בהן. רשם הנישואין רשאי לברר את יהדות המבקש בעצמו רק אם הוריו נישאו בישראל או בחו"ל על ידי רב המוכר על ידי הרבנות הראשית או אם נערך בירור יהדות בבית דין עבורו או עבור קרובו מדרגה ראשונה מצד האם. בכל שאר המקרים על רשם הנישואין להפנות את המבקש להינשא לבירור יהדות בבית דין, בפרוצדורה המוסדרת בהנחיות אלו (ס' 2).  

ההנחיות נקבעו בתגובה לעתירה של מרכז צדק לנשים נגד פסילת גיורים על ידי בתי דין רבניים (בג"ץ 5079/08). לאור זאת הם קובעים הליך מיוחד למקרים בהם בתי דין שונים חלוקים ביניהם האם גיור מסוים הוא תקף או לא (ס' 14). 

כמו כן נקבע כי לכל בקשה לגירושין, בין אם בהסכמה ובין אם בדרך של תביעה, יצורף מידע בדבר סידור הנישואין של בני הזוג והוריהם לצורך בירור יהדות. על סמך הרצאת פרטים זאת רשאי מזכיר בית הדין לפתוח תיק בירור יהדות עבור בני הזוג וילדיהם (ס' 15).